El monasterio de las clarisas, rama femenina de la orden franciscana, surgió en 1549 bajo la protección del cabildo secular del Cusco. Inicialmente era un beaterio para mestizas huérfanas e indias descendientes de los incas, situado en el barrio de Chaquilchaca.

En 1556 se traslada a la casa del conquistador Luis Gerónimo de Cabrera, en la actual plazoleta de las Nazarenas. Allí permaneció hasta 1622 cuando se concluyó la actual iglesia emplazada en la Alameda.

Las obras del templo, realizadas entre 1603 y 1622, estuvieron a cargo del religioso griego Manuel Pablo. El hecho de haber sobrevivido en buena parte al terremoto de 1650, es la mejor prueba de su solidez. Por ello Santa Clara es de las pocas edificaciones cusqueñas que muestran elementos anteriores a esa fecha.

La Iglesia
Al igual que otros monasterios de monjas, éste cuenta con dos puertas de acceso en el muro lateral. Ambas son de estilo renacentista. Una flanqueada por pilastras almohadilladas y la otra por pares de columnas corintias. La única torre es de fecha posterior, y corresponde al pleno barroco cusqueño.

Tanto su planta isabelina, de una sola nave, como las bóvedas de arista que la recubren, son claros indicios de la antigüedad de su construcción. Así lo sugiere también el artesonado de la capilla mayor, con florones dorados. Los muros del presbiterio conservan todavía las pinturas murales decorativas ejecutadas en 1646 por el maestro Juan de Alba. Entre follajes y cartelas, pueden distinguirse los escudos nobiliarios de los benefactores de esta comunidad.

De acuerdo con el gusto imperante en la ciudad a fines del siglo XVIII, todos los retablos aparecen íntegramente recubiertos por espejos. Es probable que debajo se encuentren las estructuras originales, de estilo barroco, labradas por Pedro de Oquendo y Juan Esteban Alvarez. En la capilla mayor llaman la atención algunas imágenes de buena talla que representan santos franciscanos.

Los lienzos sobre la vida de la Virgen
La principal decoración del templo está constituida por una serie de grandes lienzos sobre la vida de la Virgen colocados en los muros laterales del presbiterio. Las pinturas datan de la era Mollinedo y fueron ejecutadas por un notable maestro anónimo hacia 1697, fecha en que el ensamblador Pedro Fernández de Oquendo labró los impresionantes marcos dorados con columnas salomónicas que, seguramente, formaban un conjunto armónico con los antiguos retablos. Un detalle curioso es la reja coral de las monjas, en el muro de pies, que abarca los coros alto y bajo, cuyas agudas púas metálicas de protección contribuyen a recordar las severas reglas de la clausura monacal y su definitiva separación del mundo exterior.