Llamado también Basílica Menor de La Merced pertenece a la Orden Mercedaria y está ubicado a una cuadra de la Plaza de Armas, en la Plazoleta Espinar, en el Centro Histórico de la Ciudad Imperial. Anexo al templo se puede visitar el Convento mercedario y sus bellos claustros de estilo barroco.

La fundación de la iglesia y el convento de La Merced se atribuye a Fray Sebastián de Castañeda, en el año 1535. Para la edificación de ambos se eligió un terreno donado por el marqués Francisco Pizarro.En un principio se intentó erigir una iglesia y convento majestuosos que fueron derruidos por el terremoto de 1650; la actual estructura corresponde a los años posteriores.

La iglesia tiene dos puertas de ingreso, siendo la principal la que da hacia la plazoleta Espinar, posee además un solo campanario con un barroco muy cusqueño; hoy tiene el título de Basílica Menor concedida por el Papa Pío XII en 1946. También aquí los arquitectos fueron españoles pero fue totalmente trabajada por alarifes Quechuas; tiene en el interior una nave principal amplia y dos laterales relativamente estrechas. Su altar mayor es neoclásico con seis sólidas columnas corintias doradas y la imagen en bulto de la Virgen de las Mercedes en la porción central, además, posee doce otros altares con imágenes y lienzos diversos resaltando el Señor de Huanca y la Cruz del Padre Urraca cubierta con planchas de plata repujada. Resalta por su parte la imagen del Señor de Tambo de Montero que de acuerdo a la tradición era azotada todos los viernes en la noche por los judíos del Qosqo que se reunían en casa de un mercader portugués; tiene además un coro alto. En la cripta ubicada debajo del altar mayor de la iglesia se encuentran enterrados los restos de Gonzalo Pizarro, hermano del Marqués y los de Francisco de Carbajal cuyas cabezas fueron fritas en aceite y enviadas a Lima; el cuerpo de Diego de Almagro (el Viejo) socio de Pizarro, y el de Almagro el Joven (hijo del viejo Diego).

El claustro del convento es el más bonito y sorprendente en el complejo; tiene una forma cuadrada, dos suelos, y una entradas en forma de arco con pilares rectangulares gruesos y sólidos que muestran las columnas de Corinto talladas en sus lados delanteros. Para abreviar, fue un trabajo detallado y maravilloso echo con andesitas. El segundo claustro es relativamente simple y más moderno de 1650.

Museo
Dentro de los claustros encontramos una gran variedad de cuadros y fragmentos de pinturas murales de la primitiva iglesia de la Merced, las cuales representan la vida de Don Pedro de Nolasco fundador de la orden Mercedaria, que fueron pintados por el maestro Ignacio Chacón.

En esta Iglesia se encuentra la famosa joya y reliquia "La Custodia de la Merced", hecha en oro de 24 quilates y con incrustaciones de 1518 diamantes, 615 piedras (rubíes, topacios y esmeraldas) y una gran perla en forma de sirena, considerada como la segunda más grande del mundo.