Templo y Convento de Santa Catalina

En la época de los Incas el lugar de este Monasterio y de las casas adyacentes lo ocupaba el conjunto de recintos llamado Aqllawasi, lo cual en quechua significa “casa de doncellas escogidas”. Aquí vivían las aqllas, mujeres de familias nobles, elegidas en todo el imperio por su belleza y alta alcurnia. Entraban al Aqllawasi de jóvenes y permanecían entre sus muros, prácticamente sin contacto con el mundo exterior, por el resto de sus vidas. Se les prohibía estrictamente todo tipo de comunicación con los hombres y tenían que permanecer vírgenes hasta su muerte. Se las consideraba esposas del sol y otras deidades veneradas en el Cusco. Sus ocupaciones principales eran la elaboración de finos textiles para la corte del Inca y la preparación de bebidas ceremoniales, actividades que se consideraban sagradas. Los primeros europeos que llegaron al Perú llamaban a las aqllas “monjas”.
El complejo arquitectónico del Aqllawasi ocupaba un amplio espacio que corresponde hoy a la manzana delimitada por la Plaza de Armas y las calles Arequipa, Loreto y Maruri. Estaba construido en forma de claustro, con altos muros exteriores. En su parte interior, según los cronistas del siglo XVI, existían pasadizos o calles, alrededor de las cuales estaban las viviendas y los talleres de las aqllas y de las mujeres que estaban a su servicio, llamadas mamacona. En la actualidad se conservan pocos fragmentos del conjunto, mayormente son partes del muro perimétrico. El fragmento más grande y mejor conservado es el muro largo del lado sudoeste que da a la actual calle Loreto. Otra parte conservada es la esquina sudeste del muro exterior que se ve desde la calle Arequipa.
El Monasterio de Santa Catalina de Sena fue fundado en 1601 en la ciudad de Arequipa, pero pronto fue trasladado al Cusco a causa de una serie de devastadoras catástrofes naturales que sucedieron en Arequipa a los comienzos del siglo XVII. La iniciativa de la fundación pertenecía a la viuda doña Lucía Rivera de Padilla de Arequipa, poseedora de una gran fortuna. En febrero del 1605 llegaron al Cusco las primeras 25 monjas profesas. Después de varios traslados dentro de la ciudad, el Monasterio se estableció en el lugar del antiguo Aqllawasi. Probablemente, en la elección del sitio se tomó en cuenta su anterior función.
En 1650 el nuevo Monasterio, al igual que muchas otras nuevas edificaciones del Cusco, fue destruido por un gran terremoto. Los trabajos de reconstrucción comenzaron al año siguiente con la fundación del nuevo templo que permanece en pie hasta el día de hoy. Es un sencillo edificio de una sola nave, que se extiende a lo largo de la fachada noreste del Monasterio. En él se encuentra la imagen de la Virgen de los Remedios, patrona y protectora del Monasterio desde el momento de su fundación, objeto de gran devoción de los cusqueños.
Posee un altar mayor de cedro dorado con estilo mezclado, en la porción central y hacia arriba está la imagen en bulto del "Sagrado Corazón de Jesús" y más abajo Santa Catalina y Santo Domingo; tiene un púlpito tallado en cedro y otros cuatro retablos menores todos dorados.
Posee un magnífico museo y, además, las religiosas son conocidas por que elaboran exquisitos dulces de mazapán y almendras.
Museo
La exposición museográfica del Monasterio ha sido renovada en los años 2008-2009 para reflejar el entorno y las costumbres de la vida monástica de clausura, que ha conservado muchos usos antiguos a través de varios siglos. Los objetos que se muestran en el museo pertenecen a diversas épocas, desde el siglo XVI hasta el siglo XX. Han sido reconstruidos varios espacios característicos para un monasterio de monjas: la Sala de Labores, la Sala Capitular, el Refectorio, el Noviciado, la Celda de la Fundadora, entre otros. Las obras del arte virreinal de la colección del Monasterio se encuentran en la Pinacoteca especializada y están distribuidas en el resto de los ambientes expositivos.